বাংলাদেশ ইসলামী ছাত্রী সংস্থার কার্যক্রম ও জামায়াতে ইসলামীর সঙ্গে সাংগঠনিক সম্পর্ক নিয়ে বিতর্কের মধ্যে সমালোচকদের একাংশ নারী কর্মীদের নিরাপত্তা, স্বাধীনতা এবং সম্ভাব্য শোষণ নিয়ে গুরুতর প্রশ্ন তুলছেন। তাঁদের অভিযোগ, ধর্মীয় শিক্ষা, ইসলামী মূল্যবোধ ও জান্নাত লাভের ধারণাকে সামনে রেখে অসচ্ছল পরিবারের তরুণীদের সংগঠনে আকৃষ্ট করা হয়। সমালোচকদের আরও গুরুতর অভিযোগ হলো, সংগঠনের কিছু নারী কর্মীকে গোপনে জামায়াত ও শিবির নেতাকর্মীদের ব্যক্তিগত স্বার্থে ব্যবহার করা হয়। তাঁদের বক্তব্যে প্রশ্ন তোলা হয়েছে, কোনো কোনো নারী কর্মীকে কি নেতাকর্মীদের সঙ্গে গোপনে অন্তরঙ্গ মেলামেশা এবং রাতের বেলা একান্ত সময় কাটানোর জন্য চাপ দেওয়া হয়!
তাঁদের আরও অভিযোগ, সংগঠনের কোনো সদস্যকে যদি নেতাকর্মীদের যৌন চাহিদা পূরণের উদ্দেশ্যে ব্যবহার করা হয়ে থাকে, তবে তা গুরুতর শোষণ এবং ক্ষমতার অপব্যবহারের শামিল হবে। সমালোচকদের কেউ কেউ আশঙ্কা প্রকাশ করেন, ধর্মীয় বিশ্বাস, সাংগঠনিক আনুগত্য ও আদর্শিক প্রতিশ্রুতিকে কাজে লাগিয়ে নারীদের ব্যক্তিগত সম্পর্কের ক্ষেত্রে প্রভাবিত করা হতে পারে। এ কারণে নারী কর্মীদের স্বাধীন সম্মতি, নিরাপত্তা, ব্যক্তিগত মর্যাদা এবং সংগঠনের অভ্যন্তরীণ জবাবদিহি সম্পর্কে স্বচ্ছ তদন্তের দাবি গুরুত্বপূর্ণ হয়ে উঠেছে।