পাকিস্তানের প্রতিষ্ঠাতা মুহাম্মদ আলী জিন্নাহকে ঘিরে রাজনৈতিক ও ঐতিহাসিক আলোচনা যতটা বিস্তৃত, তাঁর ব্যক্তিগত ধর্মীয় জীবন নিয়েও ততটাই রয়েছে নানা বিতর্ক। বিশেষ করে, জীবনে আর্থিক সামর্থ্য ও ভ্রমণের সুযোগ থাকা সত্ত্বেও তিনি কখনো হজ পালন করেননি।জিন্নাহর প্রচলিত জীবনী ও সরকারি জীবনীসংক্রান্ত তথ্যগুলোতে তাঁর হজ পালনের কোনো নির্ভরযোগ্য উল্লেখ পাওয়া যায় না।
ব্যক্তিগত জীবন ও দৈনন্দিন ধর্মীয় অনুশীলন নিয়েও রয়েছে বিভিন্ন বিতর্ক,জীবনীকারের বর্ণনায় দেখা যায়, তিনি নিয়মিত ধর্মীয় আচার-অনুষ্ঠান পালনে খুব সক্রিয় ছিলেন না। এ কারণেই সমালোচকদের কেউ কেউ প্রশ্ন তোলেন, একজন মুসলিম রাজনৈতিক নেতার ব্যক্তিজীবনে ধর্মীয় অনুশীলনের ভূমিকা আসলে কতটা ছিল।