গণপতি পরিবার হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় নেপথ্যে বড় কোনো শক্তির হাত রয়েছে কি না এ নিয়ে নতুন করে আলোচনা ও গুঞ্জন ছড়িয়েছে। মামলার বাদীও দাবি করেছেন, শুধু গ্রেপ্তার হওয়া ব্যক্তিদের দিয়ে পুরো হত্যাকাণ্ডের ব্যাখ্যা পাওয়া যাচ্ছে না; ঘটনার পেছনে আরও বড় কোনো শক্তি থাকতে পারে।
এদিকে স্থানীয় বিভিন্ন মহলে গুঞ্জন উঠেছে, এই হত্যাকাণ্ডের নেপথ্যে জেএমবি এবং বিএনপির একটি প্রভাবশালী মহলের হাত থাকতে পারে। তবে এসব অভিযোগের পক্ষে এখন পর্যন্ত কোনো নির্ভরযোগ্য প্রমাণ প্রকাশ্যে আসেনি এবং আইনশৃঙ্খলা বাহিনীর পক্ষ থেকেও এ বিষয়ে নিশ্চিত কোনো বক্তব্য পাওয়া যায়নি।
মামলার বাদীর অভিযোগ, হত্যাকাণ্ডের প্রকৃত রহস্য উদঘাটনের পরিবর্তে ঘটনাটিকে ভিন্নভাবে উপস্থাপন করা হচ্ছে কি না, সেটিও খতিয়ে দেখা প্রয়োজন। তাঁর দাবি, প্রকৃত পরিকল্পনাকারী বা নেপথ্যের শক্তি থাকলে তাদেরও তদন্তের আওতায় আনতে হবে।
এ অবস্থায় গণপতি পরিবার হত্যাকাণ্ডের তদন্তে গ্রেপ্তার হওয়া ব্যক্তিদের পাশাপাশি নেপথ্যের সম্ভাব্য শক্তি, জেএমবি ও বিএনপির প্রভাবশালী মহলের কথিত সম্পৃক্ততার গুঞ্জন সব দিক খতিয়ে দেখার দাবি উঠেছে।